死んだ歯髄では細菌が繁殖し、炎症が生じ、ついには神経と血管が腐って、それでできた膿が歯の根の外の骨の中にまであふれて溜まります。
また、一度、歯髄の治療が済んでいても、根管の中に詰めた薬の効果がなくなったり、取りきれずに残っていた細菌が増えたりすると、再び炎症が生じ、膿が溜まってしまうことがあります。
感染根管治療 （歯の神経や以前に詰めた薬を取る治療） の手順
１）レントゲン写真で根の奥の状態を確認します。
表面の虫歯の部分は目で確認できても、歯の根の奥の部分は見えないので、レントゲン写真（X線写真）で、歯の根の中やその奥の部分の状態を確認します。
膿が歯の根の先端から溢れて骨の中に広がっていれば、黒い影として確認できます。
２）虫歯の部分や、被せた詰め物を取り除きます。
虫歯の部分や、以前の治療で被せた金属冠・金属の土台、プラスチックの詰め物などを治療器具で取り除いていきます。
そして歯の根が直接に目に見えるようにします。
（前準備としての虫歯の処置）
３）歯髄や以前に詰めた薬を取り除きます。
歯の根管の中の、腐った歯髄、または以前の歯髄の治療のときに詰めた薬を、細い治療道具 （リーマー、といいます） を使って、丁寧に除去します。
４）根管に薬を詰めます。
歯の根の先端の外（骨の中）の膿を、根管を通じて、外に出します。
そして十分に消毒して、炎症や膿を抑えます。
５）根管貼薬
歯の根の管の中を液体の消毒薬で繰り返し洗浄し、さらに液体またはゼリー状の消毒・殺菌の薬を入れます。
６）根管に薬を詰めます。
歯の根の先の骨の中の炎症や膿が消失したのを確認してから、根管の中を十分に消毒した後、根の先端まで隙間が空かないようにしっかりと、天然ゴム製の薬を詰めます。
（根管充填）
状態がよくなければ、症状がなくなるまで薬を根管に貼る治療を繰り返し、回数が多くなることもあります。